Près d’un quart des adultes portugais souffrent d’allergies provoquant un écoulement nasal. Cette maladie respiratoire, anciennement appelée rhinite allergique et fréquemment associée à l'asthme, est un problème courant dans le monde entier, et les voies respiratoires supérieures constituent une cible clé pour la recherche sur les processus pathologiques sous-jacents. Aujourd’hui, une équipe mondiale de chercheurs a découvert que les patients souffrant de reniflements et d’asthme provoqués par des allergies présentent différentes colonies fongiques ou mycobiomes dans le nez, ce qui suggère des pistes de recherche potentielles pour de futurs traitements.
« Nous avons montré que les échantillons de rhinite allergique présentaient une diversité fongique significativement plus élevée et une structure de communauté fongique différente par rapport à ceux de témoins sains », a déclaré le Dr Luís Delgado de l'Université de Porto, au Portugal, l'un des auteurs de l'article dans Frontières de la microbiologie. « Cela peut suggérer que la rhinite allergique augmente la diversité et modifie la composition du microbiome des voies respiratoires supérieures. »
Un monde mycologique miniature
La rhinite allergique provoque des éternuements, des démangeaisons, une inflammation des muqueuses nasales et un nez bouché et qui coule. Elle est souvent comorbide avec l'asthme, qui implique également une inflammation et des voies respiratoires obstruées. La rhinite allergique et l’asthme peuvent même être des aspects différents d’une même maladie inflammatoire des voies respiratoires, ce qui rend essentiel l’identification des liens entre eux et les causes sous-jacentes.
Pour étudier le mycobiome nasal, les chercheurs ont recruté 214 participants parmi les enfants et les jeunes adultes fréquentant une clinique d'immunologie et d'asthme à Porto. 155 patients souffraient à la fois de rhinite allergique et d'asthme, tandis que 47 n'avaient reçu qu'un diagnostic de rhinite allergique et 12 d'asthme. 125 témoins sains ont également été inscrits.
Les scientifiques ont prélevé des échantillons du nez des participants à l'aide de tampons nasaux et ont séquencé l'ADN fongique trouvé, en se concentrant sur deux régions spécifiques pour identifier différentes espèces fongiques et développer un aperçu du mycobiome de chaque participant. Après les contrôles de qualité, ils disposaient de 306 échantillons avec lesquels travailler.
Ils ont ensuite utilisé l'analyse de réseau pour comprendre les relations entre les différents genres de champignons et pour caractériser les différentes communautés de champignons présentes chez les participants sains et malades. Ils ont également étudié la fonction de différents champignons, en examinant les voies métaboliques qu’ils affectent, pour tenter de comprendre les implications de toute variation du mycobiome entre les groupes de patients.
Toux et éternuements
Les familles de champignons les plus courantes dans tous les échantillons étaient Ascomycota et Basidiomycota. Dans ces deux familles, 14 genres dominaient les mycobiomes.
Parmi ces genres dominants, nous avons détecté des champignons communs reconnus chez l'homme comme champignons pathogènes allergènes ou opportunistes. Ceci propose que la cavité nasale soit un réservoir important pour des champignons qui pourraient être impliqués dans la rhinite allergique et l'asthme.
Dr Luís Delgado de l'Université de Porto, Portugal
Il y avait une différence très nette et statistiquement significative entre les patients atteints de maladies respiratoires et les témoins sains – et aucune différence significative entre les différents groupes de patients souffrant de maladies respiratoires. Les patients atteints de maladies respiratoires présentaient des mycobiomes plus diversifiés et plus riches. Les champignons échantillonnés chez des patients souffrant à la fois de rhinite allergique et d'asthme ont également montré plus de preuves de liens entre eux que les champignons présents dans le nez des participants en bonne santé et ceux qui souffraient uniquement de rhinite allergique. Cela pourrait indiquer que les champignons affectent l’environnement immunitaire du nez.
Les scientifiques ont également découvert que trois voies métaboliques associées à la production d'un élément constitutif de l'ADN et de l'ARN – ; ribonucléotide 5-aminoimidazole ou AIR – ; étaient surabondants dans le mycobiome des patients souffrant de rhinite allergique et d’asthme. L'AIR est lié à la production de purines, nécessaires au métabolisme énergétique et à la synthèse de l'ADN. Si d’autres études confirment ce lien et identifient le problème exact, AIR pourrait être une future cible thérapeutique pour le traitement ou le diagnostic.
« Cependant, nous n'avons pas pu contrôler toutes les variables spécifiques aux patients, telles que la gravité de la maladie et les niveaux de traitement associés, et les patients ont été échantillonnés en une seule fois », a prévenu Delgado, expliquant que la conception transversale de l'étude donne une vue d'ensemble, mais ne le fait pas. Cela ne montre pas comment le mycobiome évolue au fil du temps. Des études longitudinales pourraient donner une meilleure idée de la question de savoir si les champignons sont à l’origine des processus pathologiques et, le cas échéant, quels champignons en sont responsables.
« Aborder certaines de ces variables cliniques constituerait un suivi intéressant de notre étude, si nous pouvions obtenir le financement approprié », a déclaré Delgado. « Si nous ne pouvons pas aller plus loin à ce stade, les données et hypothèses clés sont publiées ici pour que d'autres puissent les reproduire et enfin relier le laboratoire à la clinique. »
