Est-il possible de se débarrasser complètement des variantes du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) ? De nouvelles recherches menées par Neta S. Zuckerman du Sheba Medical Center en Israël suggèrent que c’est possible. Leur rapport détaille la recrudescence d’une variante B.1.362 hébergeant la mutation L452R qui a finalement disparu en raison des efforts de vaccination et de la présence de variantes plus robustes.
Des variantes peuvent facilement circuler dans le monde entier en raison de mutations qui rendent plus difficile pour le système immunitaire de détecter et de neutraliser le virus. Par exemple, L452R est une mutation trouvée dans la variante Delta et Epsilon (B.1.429) qui aide le SRAS-CoV-2 à échapper au système immunitaire et à augmenter l’infectivité. L452R sur les variantes Epsilon et Delta a déjà montré une réduction de 6,7 et 5,8 fois de l’activité neutralisante.
Cette étude a démontré une diminution de X4 fois de la capacité de neutralisation des sérums dérivés d’individus complètement vaccinés contre le variant B.1.362+L452R, suggérant que c’est cette mutation qui explique l’impact sur le potentiel de neutralisation des différents variants qui portent le L452R mutation », a expliqué l’équipe de recherche.
Combiné avec L452R, les chercheurs affirment que le virus est capable de devenir une variante préoccupante. Alors que B.1.362 + L452R ont disparu plus tard de la population locale, ils conseillent une surveillance plus systématique pour détecter et empêcher la montée d’autres variantes futures.
L’étude « L’ascension et la chute d’une variante émergente du SRAS-CoV-2 avec la mutation de la protéine de pointe L452R » est disponible en version préliminaire sur le medRxiv* serveur.
Sommaire
Émergence de B.1.362 + L452R
L’équipe de recherche a sélectionné au hasard des échantillons de SRAS-CoV-2 qui ont été confirmés positifs par des tests PCR en Israël. Les génomes viraux ont été extraits et analysés à partir d’échantillons.
Un variant B.1.362 portant la mutation L452R a été détecté en Israël et faisait partie de la lignée B.1.362 – une lignée répandue jusqu’en décembre 2020, lorsque Alpha (B.1.1.7) est devenu le variant dominant.
Alors que la lignée B.1.362 a été trouvée dans d’autres pays, les chercheurs notent que les séquences de cette lignée représentant B.1.362 + L452R sont originaires d’Israël.
Composition génétique du nouveau variant
Le B.1.362 + L452R a deux mutations non synonymes dans la protéine de pointe – L1063F et L452R sur le domaine de liaison au récepteur (RBD). Il existe également une mutation non synonyme dans le gène NSP16 dans D2179Y et une mutation synonyme dans la protéine membranaire dans G26840A.
Une mutation W131C sur le gène ORF3a a été détectée plus tard dans le variant et est maintenant présente dans la plupart des séquences de variant.
Prévalence du variant en Israël
La variante a semblé disparaître de la population au fil du temps. Sur 854 échantillons séquencés au hasard en décembre 2020, seuls 6 % provenaient de la variante. Depuis avril 2021, aucun échantillonnage aléatoire d’échantillons de coronavirus n’appartenait à B.1.362 + L452R.
Depuis avril 2021, 270 personnes vivant en Israël ont été infectées par la variante B.1.362 + L452R.
Le déclin notable de B.1.362 + L452R correspond au déclin de la lignée B.1.362 dans l’ensemble en Alpha. B.1.362 est passé de 19% en décembre 2020 à 0% en avril 2021.
Cela était probablement dû à la propagation de la variante Alpha, qui a diminué la prévalence de toutes les lignées locales. Alpha est devenu plus tard la variante dominante du SRAS-CoV-2 en Israël en février 2021. La campagne de vaccination organisée en Israël en décembre 2020 a peut-être également contribué au déclin de B.1.362.
D’ici avril 2021, les chercheurs notent que la variante B.1.362+L452R n’est plus observée dans le séquençage de routine et est considérée comme complètement éliminée. Cependant, la menace d’autres variantes hébergeant L452R demeure.
L’identification de cette variante localement émergente portant la mutation L452R, accompagnée de variantes supplémentaires émergentes indépendamment portant la même mutation (Delta et variantes supplémentaires de la lignée B.1.617, Epsilon, A.27.1), souligne la pertinence de la mutation L452R pour le adaptabilité du virus », ont écrit les chercheurs.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
