Dans une étude récente publiée dans le Maladie infectieuse émergente Journal, des chercheurs ont détecté un patient infecté par le virus de la grippe porcine A (IAV) lors d’une surveillance de routine au Centre national de la grippe au Danemark. La variante détectée de la grippe semblait distincte de toute variante trouvée précédemment au Danemark.
Arrière plan
Selon les registres officiels, au cours de la saison grippale 2021-2022, 16 160 cas au Danemark étaient dus au virus de la grippe A, principalement le sous-type H3N2. Pendant cette période, aucun cas de virus de la grippe d’origine porcine n’est survenu chez l’homme. Depuis la pandémie de grippe A(H1N1) de 2009, aucun cas de transmission interhumaine persistante d’IAV n’a été signalé. En outre, il n’y a eu que des rapports sporadiques d’infections humaines par des IAV porcins. Pourtant, le potentiel zoonotique des IAV est très préoccupant.
Rapport de cas
Un jeune homme d’une cinquantaine d’années, travaillant dans un abattoir de porcs au Danemark, a été hospitalisé après l’apparition aiguë d’une maladie le 24 novembre 2021. Il a eu des étourdissements dans la nuit, suivis de douleurs thoraciques, de douleurs irradiant vers le bras gauche, de diarrhée et de malaise, mais pas de fièvre. Le patient a souffert de convulsions répétées et a dû être admis à l’unité de soins intensifs (USI) et mis sous ventilation pour arrêter les crises et gérer la baisse des niveaux d’oxygène.
Il n’avait aucune déficience cardiovasculaire, rénale, neurologique ou autre, y compris une pneumonie, qui pourrait justifier son accès soudain de maladie grave. Cependant, un échantillon d’écouvillonnage du pharynx du patient a été testé positif pour l’IAV. Notamment, aucun autre collègue sur le lieu de travail du patient n’a signalé l’incidence de la grippe.
Avec des médicaments antiviraux (oseltamivir) et des traitements de soutien, l’état clinique du patient s’est amélioré au cours des deux jours suivants, il a donc pu quitter l’hôpital. Les chercheurs ont soumis le matériel d’échantillon restant au Centre national danois de la grippe, qui a confirmé qu’il était positif pour la souche pandémique H1N1.
Une analyse plus approfondie par séquençage du génome entier a révélé que sa séquence consensus était du sous-type H1N1. Notamment, le virus ressemblait davantage aux IAV porcins qu’aux souches de grippe humaine. L’équipe a téléchargé cette séquence dans la base de données de l’initiative mondiale sur le partage de toutes les données sur la grippe (GISAID).
La séquence n’avait aucune correspondance avec les séquences IAV dans GISAID, comme l’ont révélé les recherches de l’outil de recherche d’alignement local de base (BLAST) ; cependant, une comparaison avec des séquences internes de virus de la grippe porcine du Danemark a montré une ressemblance étroite avec les IAV porcins de 2021. Cette souche virale présentait plusieurs différences génétiques et antigéniques par rapport aux autres virus de la grippe A détectés au Danemark. En outre, il présentait une faible réactogénicité vis-à-vis des vaccins humains contre la grippe saisonnière actuellement utilisés. De plus, ses analyses phylogénétiques ont révélé que la plupart des segments de gènes étaient similaires au sous-type H1N1. Au contraire, sa neuraminidase et ses segments non structuraux appartenaient au clade 1C de la grippe porcine de type aviaire A(H1N1) trouvé en Eurasie.
Conclusion
Plus tôt au Danemark, un patient âgé présentant des comorbidités a présenté un syndrome pseudo-grippal classique (SG). Cependant, le cas rapporté dans cette étude était unique car un adulte auparavant en bonne santé a souffert d’une maladie grave et soudaine. Une autre observation distincte était que ce patient a présenté des convulsions, qui sont rares chez les adultes et généralement accompagnées de fièvre ou d’encéphalite. Par conséquent, les souches virales infectantes dans ces deux cas sont probablement génétiquement distinctes.
La détection d’une variante de l’IAV via une surveillance de routine a mis en évidence l’importance d’une surveillance continue des IAV humains et porcins à potentiel zoonotique. De plus, il a souligné la nécessité de prendre rapidement des contre-mesures pour ceux qui entrent en contact avec des porcs en raison de leur profession et de leur expérience du SG.
