La pandémie en cours de la maladie à coronavirus 19 (COVID-19) a fait plus de 1,2 million de morts dans le monde et a eu un impact sans précédent sur les économies. Bien que de nombreux patients atteints de COVID-19 survivent à la maladie, il y a un nombre croissant de patients qui sont «débarrassés» du virus, mais qui présentent encore des symptômes et doivent être hospitalisés.
L'hospitalisation et la réadmission de patients atteints de COVID-19 après la clairance virale ont été un sujet d'intérêt important pour minimiser la mortalité ainsi que les coûts de santé. Des études antérieures axées sur l'hospitalisation et la réadmission après la guérison d'autres maladies telles que la grippe, l'insuffisance cardiaque et la pneumonie ont conclu que la plupart des réadmissions résultaient d'interactions complexes entre la récupération du système immunitaire de l'hôte et la réponse inflammatoire. Des données minimales sont actuellement disponibles sur les effets à long terme du COVID-19 chez les personnes qui sont débarrassées du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2).
L'étalon-or actuel pour déterminer la clairance du SRAS-CoV-2 chez les patients se remettant du COVID-19 est deux résultats négatifs consécutifs dans un test de réaction en chaîne par transcription inverse-polymérase (RT-PCR) en temps réel. Les patients nécessitant une hospitalisation en raison de complications prolongées du COVID-19, malgré une clairance virale confirmée, présentent une énigme clinique.
Conception globale de l'étude. (A) Trajectoire d'un patient COVID-19 passant du pré-COVID (temps jusqu'à 365 jours avant le premier test PCR positif) à la phase positive SARS-CoV-2 (intervalle après le premier test positif mais avant le premier de deux négatifs consécutifs Résultats du test PCR) dans la phase post-clairance virale (période allant jusqu'à 90 jours après le premier des deux résultats négatifs du test PCR), (B) Démontre la procédure d'attribution des patients à la cohorte post-clairance hospitalisée et à la cohorte post-clairance non hospitalisée les patients peuvent être hospitalisés à des moments variables, y compris pendant l'infection index (temps écoulé entre les premiers résultats positifs du test PCR et le premier des deux résultats négatifs du test PCR) et après la clairance virale – deux cohortes sont définies à partir de la population globale, cohorte hospitalisée après dédouanement dans laquelle les patients sont admis ou réadmis à l'hôpital après leur date de sortie estimée et cohorte après dédouanement non hospitalisée dans laquelle les patients sont admis pendant l'infec index (C) Pour chaque patient si les deux cohortes définies, un modèle de langage profond (BERT) est utilisé pour extraire les phénotypes d'intérêt des notes cliniques enregistrées entre 365 jours avant l'infection et jusqu'à 90 jours après la clairance pour chaque patient – les occurrences de ces phénotypes sont stratifiées en périodes pré-COVID, COVID pré-clairance et COVID post-clairance et des tests statistiques sont effectués pour trouver des différences significatives de phénotypes entre les deux cohortes.
Sommaire
Utilisation d'une analyse rétrospective pour étudier les patients réadmis après la clairance virale
Des chercheurs de la nference (une société d'information biotechnologique) à Cambridge, MA, États-Unis, de la Mayo Clinic à Rochester, MN, États-Unis, et de nference Labs basé à Bengaluru, en Inde, ont récemment effectué une analyse rétrospective de 266 patients COVID-19. Cette analyse a comparé les personnes admises ou réadmises après la clairance virale avec celles qui ont été hospitalisées avant la clairance virale mais n'ont pas nécessité d'hospitalisation après la clairance virale. Leur étude a été publiée sur le serveur de pré-impression, medRxiv*.
Pour différencier ces deux cohortes d'étude, ils ont utilisé des modèles de réseaux neuronaux pour gérer les comorbidités et les complications à partir des notes du médecin dans les dossiers de santé de ces patients. Les notes du médecin du groupe de clairance post-virale hospitalisé ont montré des lésions rénales aiguës (n = 15 (16,1%)), une anémie (n = 20 (21,5%)) et une arythmie cardiaque (n = 21 (22,6%)) dans le année précédant l'apparition du COVID-19.
Les conditions de santé préexistantes augmentent le risque d'hospitalisation post-COVID
Il s'agit de la première étude réalisée dans un grand centre de santé qui analyse les facteurs de risque derrière l'hospitalisation post-virale chez certains patients atteints de COVID-19. Cette étude a utilisé la curation augmentée pour recueillir les complications et les comorbidités à partir des dossiers de santé des patients au lieu de s'appuyer sur les codes de classification internationale des maladies (CIM) pour les données. L'analyse statistique réalisée dans cette étude a identifié des comorbidités qui existaient un an avant la confirmation du diagnostic d'infection par le SRAS-CoV-2 par PCR. Les conditions préexistantes étaient associées à des taux plus élevés d'hospitalisation après la clairance virale.
Les résultats de cette étude ont montré que les conditions préexistantes jouent un rôle clé dans le risque d'hospitalisation chez les patients COVID-19 après confirmation de la clairance virale du SRAS-CoV-2. Leurs résultats indiquent que l'anémie pré-COVID augmente le risque d'hospitalisation post-COVID, ce qui est préoccupant en raison de la nature endémique et de la forte prévalence de l'anémie dans de nombreux pays sous-développés et en développement, qui connaissent actuellement un grand nombre de COVID-19 cas et mortalité associée.
« Enfin, cette étude souligne également la nécessité d'une curation détaillée des données cliniques structurées et non structurées pour mieux comprendre la dynamique de la clairance virale, les conditions sous-jacentes et les complications à long terme. »
Les résultats soulignent la nécessité d'une recherche de suivi sur les facteurs de risque spécifiques d'hospitalisation post-COVID
Les auteurs estiment que leur étude motivera de nouvelles recherches de suivi sur les facteurs de risque spécifiques qu'ils ont identifiés et qui semblent prédisposer certains patients atteints de maladies préexistantes aux effets indésirables à long terme du COVID-19. Ils espèrent que leurs découvertes sur les effets possibles à long terme de l'infection par le SRAS-CoV-2 inspireront davantage d'études qui aideront à trouver des interventions prophylactiques et thérapeutiques efficaces pour traiter le COVID-19.
«Dans l'ensemble, notre découverte des effets indésirables à long terme du COVID-19 motive la nécessité de comprendre le fondement biologique et mécaniste des effets indésirables à long terme induits par le SRAS-CoV-2 afin de trouver des interventions prophylactiques et thérapeutiques appropriées.
Les auteurs discutent également de certaines limites de leur étude. L'ensemble de données utilisé par cette étude provient d'un seul système de santé, de sorte que les caractéristiques cliniques de la cohorte de l'étude peuvent être biaisées et peuvent refléter les caractéristiques cliniques des personnes recevant un traitement dans certaines régions des États-Unis telles que l'Arizona, la Floride ou le Minnesota. Ils utilisent également le premier des deux résultats de tests PCR négatifs consécutifs pour mesurer la clairance virale de chaque patient, mais la date de clairance virale réelle est inconnue.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé ou être traités comme des informations établies.
