Une nouvelle étude a révélé des changements génétiques dans un groupe de variantes similaires du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) en Inde.
Les chercheurs écrivent:
« Nous pensons que notre rapport est l’une des rares études qui visent à fournir une image complète de la dynamique évolutive et des modèles de co-mutations des souches de SRAS-CoV-2 répandues au sein de la population indienne tout au long de l’année 2020. »
L’étude «La surveillance génomique et les analyses phylodynamiques révèlent l’émergence d’un nouveau modèle de mutation et de co-mutation au sein des variantes du SRAS-CoV2 répandues en Inde» est disponible en pré-impression sur le bioRxiv* serveur, tandis que l’article est soumis à un examen par les pairs.
Sommaire
Comment ils l’ont fait
Les chercheurs ont effectué une surveillance génomique de 54 échantillons positifs pour le SRAS-CoV-2 de Kolkata – la capitale de l’État du Bengale occidental en Inde. Les patients allaient de 6 à 88 ans avec un rapport global homme / femme de 1,7.
Les échantillons ont été collectés d’août 2020 à octobre 2020 (Term3) et comprennent toutes les séquences du génome du SRAS-CoV-2 dans le Bengale occidental à l’exception d’une.
L’équipe note que les séquences génétiques de Term3 sont différentes de celles de l’Inde car elles montrent une plus grande quantité de clade «O» et de clade 20A.
Les séquences Term3 différaient également des séquences génétiques du SRAS-CoV-2 collectées d’avril 2020 à juillet 2020 (Terme 2). Dans Term2, la région du Bengale occidental avait une quantité 82% plus élevée de «G» et une quantité 83% plus élevée de distribution de clade 20A que les autres états de l’Inde. Ils indiquent que les clades viraux du Bengale occidental évoluent lentement.
À l’aide de la base de données GSAID, ils ont analysé leurs échantillons en fonction des séquences génomiques d’autres continents. Et à l’exception de l’Amérique du Nord et de l’Europe, tous les autres continents avaient une prévalence du clade GR au milieu et à la fin de 2020. Alors que l’Amérique du Nord n’a pas montré de prévalence GR, ils ont montré une fréquence plus élevée de clade GH. L’Europe a montré plus d’augmentation du clade GV du SRAS-CoV-2 en Europe à la fin de l’année.
Mutations fréquentes, co-mutations et leur association avec la gravité de la maladie en Inde. A. 5 mutations et 3 modèles de co-mutation les plus fréquents en Inde. B. Les 5 mutations et 3 co-mutations les plus fréquentes dans les principaux clades de l’Inde. Les mutations définissant le clade sont exclues du graphique à barres. C. 5 mutations et 3 co-mutations les plus fréquentes chez différents types de patients. Différents codes de couleur sont utilisés pour des motifs de réseau de co-mutation spécifiques. Les motifs du réseau ont été triés et classés exclusivement.
Émergence de mutations pendant la pandémie
Ensuite, les chercheurs ont suivi les changements évolutifs du SRAS-CoV-2 dans d’autres régions de l’Inde. La surveillance génomique à partir d’échantillons viraux chez des patients indiens a montré que le clade GR et 20B était plus répandu en Inde.
En examinant la variation des co-mutations entre les États indiens et les territoires de l’union, les chercheurs ont observé l’émergence de mutations définissant le non-clade pendant les périodes Term2 et Term3. Ces résultats étaient comparables au début de la pandémie (Term1). Des combinaisons uniques de ces mutations ont été signalées plus fréquemment vers la fin de 2020.
Plus précisément, au terme 2, les États de l’Inde tels que Telangana, Maharashtra et Karnataka ont montré cinq co-mutations ou plus. Dans le même temps, la région du Bengale occidental et le Gujarat avaient des souches de SRAS-CoV-2 avec moins de cinq co-mutations.
Au terme 3, il y avait plus de séquences de Telangana et de Maharashtra avec des résidus co-mutants plus élevés que celles du Bengale occidental. L’augmentation de mutations distinctes peut être associée à une augmentation significative des cas de coronavirus dans le Maharashtra et le Karnataka par rapport au Bengale occidental et au Gujarat pendant les périodes «Term2» et «Term3».
« Par conséquent, le nombre plus élevé de co-mutations dans ces deux états pourrait être associé à une infectivité plus élevée des souches qui y prévalent. »
Mutations corrélées à la gravité de la maladie
L’équipe a utilisé ses données de surveillance génomique pour évaluer comment les mutations affectaient la gravité de la maladie COVID-19. Ils pouvaient utiliser 806 des 3277 séquences car cela incluait le statut COVID-19 d’un patient et s’il était décédé, symptomatique, léger et asymptomatique.
Toutes les séquences ont montré les mutations D614G et NSP12. Cependant, les personnes qui avaient une infection symptomatique au COVID-19 ou qui sont décédées des suites du COVID-19 étaient plus susceptibles de présenter plus de mutations NS9b (P10S), N (P13L), NSP12 (A97V) et NSP3 (T1198K) que les patients asymptomatiques.
Il y avait aussi une triade de co-mutation dans [NSP6(L37F)-NSP12(P323L)-Spike(D614G)] chez les patients décédés ou présentant une infection légère ou symptomatique au COVID-19.
Parmi 5 mutations chez des patients décédés et symptomatiques, 3 mutations ont été observées dans une infection légère, seule la mutation NSP6 (L37F) apparaissant chez les patients asymptomatiques.
Le réseau de co-mutation a été mis en évidence chez 51% des patients présentant une maladie asymptomatique et 20,41% des infections bénignes. Cependant, le réseau de co-mutation n’a pas été vu dans les cas symptomatiques et le défunt. De nouveaux réseaux de co-mutation ont été notés au fil du temps dans différents clades et états de l’Inde.
Les chercheurs suggèrent que des mutations spécifiques et des combinaisons uniques de mutations du SRAS-CoV-2 sont corrélées à la gravité de la maladie sur la base des résultats.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
