Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) est un virus robuste appartenant au sous-genre Bétacoronavirus et est l’agent causal de la pandémie de coronavirus 2019 (COVID-19). Dans les premiers stades de la pandémie, la diversité du virus était limitée, avec très peu de déviance par rapport au génome d’origine du virus.
Cependant, au cours de l’année écoulée, de nombreux variants mutants ont été identifiés, avec des mutations associées à l’évasion des anticorps, à une transmissibilité accrue et à une virulence potentiellement plus sévère.
Dans un court article récemment publié dans Science, les chercheurs résument ce que cette augmentation rapide de la plasticité du SRAS-CoV-2 pourrait signifier pour l’avenir de la pandémie et des mesures anti-SRAS-CoV-2.
L’article est accessible à partir de Magazine scientifique en ligne.
Sommaire
Qu’entend-on par plasticité?
En termes biologiques, la plasticité fait référence à la capacité d’un organisme à s’adapter aux changements de son environnement. Pour les virus, une plus grande plasticité fait généralement référence à la vitesse à laquelle un virus peut être capable d’acquérir des mutations avantageuses – plus ces mutations ont tendance à apparaître rapidement dans des environnements changeants, plus un virus est considéré comme plastique.
Au cours de la première vague de la pandémie COVID-19, la grande majorité des cas ont été causés par la souche ancestrale Wuhan-Hu-1 du SRAS-CoV-2. Depuis lors, de multiples variantes sont apparues dans le monde, avec des mutations principalement dans la protéine de pointe (S). Ces mutations sont souvent apparues de manière convergente, suggérant des voies d’évolution potentielles.
Une plasticité accrue peut finalement signifier que les virus sont prédisposés à acquérir des mutations qui permettent l’évasion des anticorps ou une transmissibilité accrue.
«Les preuves croissantes de l’émergence de mutations de fuite immunitaire dans une infection prolongée par le SRAS-CoV-2 et pour de multiples variantes à propagation rapide devraient susciter une large préoccupation et une action», affirment les chercheurs.
Quelles mutations sont préoccupantes?
La mutation la plus significative observée dans le SRAS-CoV-2 est peut-être la substitution D614G dans la sous-unité S1 de la protéine S. Le D614G est associé à une affinité de liaison accrue avec l’enzyme de conversion de l’angiotensine humaine 2 (ACE2), une enzyme présente sur les membranes cellulaires des cellules principalement présentes dans les systèmes respiratoire et pulmonaire, et semble être apparue de manière convergente dans trois principales variantes préoccupantes (VoCs ): les variantes britannique (B.1.1.7), sud-africaine (B.1.351) et brésilienne (P.1).
Cette mutation semble augmenter l’affinité ACE2 au détriment d’une résistance réduite aux anticorps. Une autre mutation, E484K, augmente la résistance aux anticorps, mais est moins infectieuse. Fait intéressant, les souches VoC ont acquis des mutations supplémentaires qui restaurent les capacités perdues lors des mutations précédentes. Des exemples notables de ceux-ci comprennent la délétion (D) des acides aminés 69-70, 141-144 et 242-248 dans SI, ainsi que les substitutions K417N et N501Y.
Comment la plasticité a-t-elle augmenté dans le SRAS-CoV-2?
Ces mutations notables qui sont apparues de manière répétée et indépendante dans les VoC ont été identifiées chez cinq patients avant la détection de B.1.1.7, B.1.351 et P.1. Les auteurs pensent que ceux-ci sont survenus en raison de pressions sélectives au cours de 2020, car très peu de mutations du SRAS-CoV-2 circulaient pendant une grande partie de l’année.
Il est peu probable que ces mutations se soient produites plusieurs fois par hasard, ce qui implique la présence d’une forte pression environnementale pour qu’elles évoluent.
On ignore actuellement si de nouvelles thérapies par anticorps ont joué un rôle dans ce domaine ou non. Cependant, d’autres mutations de nature similaire sont présumées continuer à se produire si la même pression sélective est appliquée. Le variant B.1.1.7, en particulier, a été préoccupant car il semble résister à la neutralisation du vaccin Pfizer / BioNTech.
Des études récentes suggèrent également que B.1.351 a augmenté l’évasion des anticorps et que les vaccins offrent donc moins de protection contre celui-ci. Certains chercheurs soupçonnent que cette variante peut contenir des mutations actuellement non caractérisées, ce qui peut faciliter cette capacité, bien qu’une étude plus approfondie soit nécessaire.
Remarques finales
Les chercheurs font pression pour augmenter les capacités de test génomique et phénotypique du SRAS-CoV-2, afin d’identifier et de caractériser rapidement de nouvelles variantes circulantes.
La prévalence croissante des variants du SRAS-CoV-2 avec des propriétés évasives d’anticorps et une virulence accrue devrait être la principale préoccupation face à la pandémie actuelle du COVID-19.
