Les scientifiques du monde entier travaillent intensivement pour développer divers moyens qui aideraient à contenir bientôt la pandémie actuelle de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19). L’épidémie mondiale de coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), l’agent causal du COVID-19, est due au taux d’infectiosité extrêmement élevé de ce virus à ARN. Outre le développement de nouveaux vaccins contre le COVID-19, d’immenses progrès thérapeutiques ont également été réalisés. L’émergence de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 a soulevé le niveau d’inquiétude car elle a remis en question l’efficacité des vaccins approuvés.
Sommaire
Arrière-plan
Le nombre écrasant de nouveaux cas et de décès dus à cette maladie ainsi que l’émergence continue de nouvelles variantes contagieuses du SRAS-CoV-2 ont accru le besoin de tests pronostiques. Ce kit de test aiderait à décider de l’ordre de traitement pour les volumes élevés de patients arrivant dans les hôpitaux. Pour la détection du SARS-CoV-2, des écouvillonnages nasopharyngés sont obtenus du candidat, et cet échantillon est soumis à une réaction en chaîne par polymérase en temps réel (RT-PCR).
La forte demande de tests COVID-19 dans le monde a créé une pression énorme sur les chaînes d’approvisionnement pour les écouvillons. Le retard dans la fourniture régulière d’écouvillons parmi la forte demande de tests a accru le besoin de formes alternatives d’échantillons et de méthodes de test. De plus, le test PCR existant ne fournit pas d’informations pronostiques et ne fournit pas de résultats rapides, ce qui est extrêmement important pour les patients hospitalisés. Les chercheurs affirment que les tests de diagnostic basés sur la spectroscopie de masse pourraient être rapides, par conséquent, pourraient être générés en quelques minutes.
Échantillon de test COVID-19 alternatif et idéal
Des informations pronostiques pourraient être fournies en analysant des biomarqueurs métaboliques dans le sérum. La collecte et l’évaluation des échantillons de salive des patients sont beaucoup plus faciles que la manipulation d’échantillons de sang. De plus, outre le fait que l’obtention d’échantillons de sang comprend des méthodes invasives, qui peuvent être douloureuses, cela nécessite également un filage rapide peu de temps après le prélèvement pour préserver le métabolome. Des échantillons de salive peuvent être prélevés rapidement sans blesser le patient. Dans cette optique, de nouvelles recherches ont été publiées sur le medRxiv* serveur de préimpression, qui a proposé des échantillons de salive comme étalon-or pour la détection du SRAS-CoV-2, car la salive en elle-même est un vecteur du virus.
Actuellement, la salive est utilisée comme biofluide pour l’analyse métabolomique et a été utilisée pour détecter les cancers du sein, du pancréas et de la bouche. Les auteurs de cette étude ont exploré le potentiel de la métabolomique de la salive pour prédire une infection sévère et légère au COVID-19, ce qui pourrait aider les agents de santé et les médecins à décider de la ligne de traitement, c’est-à-dire quel patient doit recevoir des médicaments immunomodulateurs tels que le Tocilizumab, etc.
Ce travail de recherche faisait partie de la COVID-19 International Mass Spectrometry (MS) Coalition, qui se concentre sur la fourniture d’informations au niveau moléculaire sur le SRAS-CoV-2 chez les humains infectés. De telles informations aideraient les chercheurs à mieux comprendre, diagnostiquer et traiter les patients infectés par le COVID-19. Les données associées à cette recherche sont disponibles dans le référentiel ouvert MS Coalition.
Analyse des échantillons
Les chercheurs de la présente étude ont collecté des échantillons de salive des patients hospitalisés présentant des symptômes cliniques d’infection par le SRAS-CoV-2. Ces patients ont ensuite subi des tests RT-PCR pour la confirmation de la maladie. De plus, les métadonnées cliniques de ces patients ont également été collectées. Par la suite, les métabolites extraits des échantillons de salive ont été analysés par chromatographie liquide-spectrométrie de masse.
Le nombre de variables dans les métadonnées élucide les difficultés pratiques dans les conceptions expérimentales. Les échantillons appartenaient à des patients de groupes d’âge très variés avec diverses comorbidités. Le délai entre le prélèvement de l’échantillon et l’apparition des symptômes variait d’un jour à un mois. Dans cette étude pilote, une autre difficulté à laquelle les chercheurs ont été confrontés est le petit nombre d’échantillons qui a contribué à une faible précision et à de larges intervalles de confiance.
Les auteurs de cette recherche ont obtenu un pourcentage de concordance positif ainsi qu’un pourcentage de concordance négatif de 1,00 entre un modèle métabolomique PLS-DA et le diagnostic clinique de la gravité du COVID-19. Plusieurs métabolites tels que la valine et la leucine ont révélé des différences statistiquement significatives entre les patients présentant des symptômes COVID-19 sévères et légers.
Conclusion de l’étude
Les auteurs de cette étude ont réussi à identifier diverses caractéristiques qui pourraient différencier la salive des patients atteints de la maladie COVID-19 sévère de ceux légèrement infectés. Les chercheurs de cette étude ont souligné l’importance de la salive pour contribuer à la compréhension de la progression de la maladie, c’est-à-dire si le patient peut être légèrement ou gravement affecté par le SRAS-CoV-2. Un autre avantage de l’utilisation de la salive comme échantillon alternatif pour la détection de la maladie COVID-19 est qu’elle peut être collectée de manière moins invasive que d’autres biofluides.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
