Fin décembre 2019, un nouveau coronavirus a été signalé pour la première fois à Wuhan, en Chine, qui présentait une infectiosité élevée et provoquait des symptômes de type pneumonie. Les scientifiques ont par la suite identifié ce virus à ARN comme le virus du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2).
En raison de mutations rapides, l’émergence continue de plusieurs variantes du SRAS-CoV-2 a été signalée, parmi lesquelles certaines sont considérées comme des variantes préoccupantes (COV), par exemple Alpha, Beta et Delta. D’autres variantes sont connues sous le nom de variantes d’intérêts (VOI), par exemple, Eta, Kappa, Lambda et Iota. En conséquence, les chercheurs gardent un œil sur la prévalence de ces variantes car elles peuvent constituer une menace mondiale.
Sommaire
Pourquoi les variantes du SARS-CoV-2 sont-elles plus nocives que la tache d’origine ?
De multiples mutations sont présentes dans la protéine Spike (S) des COV et des VOI, et il a été rapporté que ces variantes sont résistantes aux anticorps neutralisants (NAbs) qui ont été provoqués après la vaccination ou l’infection post-naturelle au COVID-19.
Étant donné que le domaine de liaison au récepteur (RBD) de la protéine S du SRAS-CoV-2 est immunodominant, une mutation dans ce site provoque une évasion immunitaire. De plus, des mutations dans le domaine N-terminal (NTD) aident les virus à échapper à la neutralisation. Par conséquent, à ce jour, tous les vaccins qui ont reçu une autorisation d’utilisation d’urgence (EUA) de divers organismes de réglementation ciblent la protéine Spike.
Toutes les mutations ont-elles un impact négatif sur l’efficacité du vaccin ?
Non, toutes les mutations ne perturbent pas l’efficacité des réponses immunitaires induites par le vaccin. Par exemple, des recherches antérieures ont montré que la délétion de HV69-70 n’a aucun effet sur la sensibilité de la sensibilité des anticorps neutralisants, cependant, elle augmente l’infectivité virale.
De même, la suppression de LAL242-244 dans la variante bêta n’affecte pas la sensibilité à la neutralisation induite par le vaccin. Cependant, il a montré peu de résistance aux anticorps neutralisants ciblant les MTN.
Par conséquent, ces études révèlent que toutes les mutations n’ont pas nécessairement d’effets négatifs sur l’efficacité des vaccins.
La variante Lambda
La variante Lambda appartient à la lignée C.37, qui a été nouvellement désignée comme VOI le 14 juin 2021 par l’OMS. Cette variante se répand principalement dans les pays d’Amérique du Sud qui comprennent le Chili, le Pérou, l’Argentine et l’Équateur. Selon la base de données de l’Initiative mondiale sur le partage de toutes les données sur la grippe (GISAID), la variante Lambda a été signalée dans 26 pays à travers le monde.
Le taux de vaccination a été particulièrement élevé au Chili. Une étude récente menée au Chili a montré qu’environ 60% de la population a reçu au moins une dose unique du vaccin COVID-19. Récemment, au printemps 2021, une augmentation rapide des cas de COVID-19 a été observée au Chili. En effet, le variant Lambda est capable d’échapper aux réponses immunitaires induites par la vaccination.
Trait évolutif de la variante Lambda
Une nouvelle étude publiée sur le bioRxiv* Le serveur de préimpression a utilisé l’analyse phylogénétique moléculaire pour étudier le trait évolutif de la variante Lambda.
Dans cette étude, les chercheurs ont révélé que l’insertion de la mutation RSYLTPGD246-253N dans l’ATN de la protéine Lambda S est associée à l’augmentation de la virulence. Cette mutation est responsable de la propagation rapide de la variante Lambda dans les pays d’Amérique du Sud.
Les auteurs de cette étude ont indiqué deux des caractéristiques virologiques critiques de la variante Lambda, à savoir, a) la résistance aux réponses immunitaires induites par le virus en raison des mutations RSYLTPGD246-253N, L452Q et F490S et b) l’augmentation du taux de transmission due aux mutations T76I et L452Q.
Cette étude a révélé que le Lambda S est plus résistant aux antisérums induits par le vaccin par rapport au dérivé Lambda+N246-253RSYLTPGD S.
Un autre aspect important de ceci est que la mutation RSYLTPGD246-253N chevauche un composant du « supersite » NTD indiquant qu’il s’agit du site immunodominant. Par conséquent, la mutation de ce site a permis au variant Lambda d’échapper aux réponses immunitaires provoquées par le vaccin COVID-19.
Caractéristiques virologiques et immunologiques du variant Lambda
L’étude comparative entre la souche parentale D614G S et le variant Lambda a montré une infectiosité significativement plus élevée dans cette dernière souche virale.
Les résultats de cette étude sont conformes aux études précédentes qui avaient révélé qu’une infectivité plus élevée des variantes Lambda, Delta et Epsilon est due à la mutation L452Q/R. Les scientifiques ont expliqué que seule une infectiosité virale accrue n’est pas attribuable à une infection à grande échelle. Un tel cas a été observé pour la variante Epsilon, où même après avoir possédé une infectivité élevée, elle ne s’est pas propagée dans la population humaine. Ainsi, l’OMS l’a exclu de la classification VOC/VOI le 6 juillet 2021. Afin de comprendre si un variant infecterait un grand nombre de personnes, il est essentiel de déterminer deux caractéristiques virologiques caractéristiques du variant, à savoir une infectivité virale accrue. et l’évasion de la réponse immunitaire. Cette étude a révélé que la variante Lambda possède ces deux caractéristiques virologiques.
Importance de cette étude
Cette étude a élucidé la tendance évolutive de la variante Lambda à l’aide d’analyses phylogénétiques moléculaires et d’expériences virologiques. Même si la variante Lambda a été classée comme VOI, les auteurs de la présente étude ont mis en évidence le potentiel de cette variante à provoquer une épidémie à l’avenir.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
