Les chercheurs ont étudié la prévalence du champignon Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) dans un total de 16 900 spécimens de musée historiques et récents, d’individus sauvages et d’enregistrements littéraires d’amphibiens d’Afrique. Bd provoque la chytridiomycose, une maladie contagieuse et mortelle des amphibiens qui a conduit à l’extinction de centaines d’espèces dans le monde. Seules les espèces d’amphibiens d’Afrique avaient jusqu’à présent échappé aux épizooties de chytridiomycose, mais la présente étude montre que ce sursis est désormais probablement terminé. Le spécimen Bd positif le plus ancien datait de 1933, mais la prévalence dans l’ensemble de l’Afrique est restée inférieure à 5 % pour chaque décennie jusqu’en 2000. Cette année-là, la prévalence a bondi à 17,2 % et a encore augmenté par la suite. Les auteurs concluent que le Bd a commencé à se propager à travers l’Afrique en l’an 2000 et pourrait actuellement provoquer des épizooties méconnues. Il est probable que Bd se propagera davantage à travers l’Afrique dans un proche avenir.
Les infections fongiques massives qui conduisent les populations du monde entier au quasi-effondrement ne se produisent pas seulement dans la science-fiction. La chytridiomycose, la pire maladie des vertébrés de l’histoire, a déjà anéanti des centaines d’espèces d’amphibiens dans le monde. A cause en grande partie de cette maladie fongique, 41% des amphibiens sont actuellement menacés d’extinction. Seules les espèces vivant en Afrique semblaient avoir été relativement épargnées par le fléau de la chytridiomycose – du moins jusqu’à présent.
Maintenant, une étude en Frontières de la science de la conservation a montré que ce répit était probablement temporaire : les résultats montrent que le champignon Batrachochytrium dendrobatidis (Bd), l’agent pathogène responsable de la chytridiomycose, est désormais bien établi dans toute l’Afrique. Jusqu’à présent, il a peut-être été négligé là-bas, mais il est probable que l’agent pathogène se propagera davantage et provoquera des épizooties à travers l’Afrique dans un proche avenir.
« Nous montrons que Bd est devenu plus répandu et répandu sur le continent africain depuis l’an 2000 », a déclaré le Dr Vance Vredenburg, professeur à l’Université d’État de San Francisco et au Musée de zoologie des vertébrés de l’Université de Californie à Berkeley, et auteur correspondant de l’étude.
« Cette augmentation rapide peut signaler que des déclins et des extinctions d’amphibiens causés par des maladies peuvent déjà se produire en Afrique sans que personne ne le sache. »
Exceptionnellement contagieux
Bd est un champignon chytridiomycidé, un groupe de base de champignons qui produit des «spores d’essaim» asexuées, qui utilisent un flagelle en forme de fouet pour nager. Les spores Bd prospèrent dans les habitats frais et humides, s’incrustent et se multiplient dans les pièces buccales et la peau kératinisées des salamandres, des tritons et des cécilies, mais surtout des grenouilles et des crapauds. La chytridiomycose est exceptionnellement contagieuse, car elle n’a pas besoin d’un vecteur animal pour se propager, tandis que les spores peuvent infecter au moins 1 000 espèces éloignées. La maladie tue rarement les têtards, mais tue souvent les adultes, chez lesquels elle provoque la desquamation de la peau, la léthargie, la perte de poids et finalement l’arrêt cardiaque.
Les premières épizooties connues de chytridiomycose se sont produites à la fin des années 1970 et au début des années 1980 dans l’ouest de l’Amérique du Nord, à la fin des années 1990 en Amérique centrale et en Australie et au début des années 2000 en Amérique du Sud. Des analyses génétiques ont montré qu’en plus de la souche Bd-GPL (‘Global Pandemic Lineage’), considérée comme responsable de la plupart des épizooties de chytridiomycose, il existe au moins quatre autres souches, peut-être moins virulentes, de Corée du Sud, de Suisse, d’Amérique du Sud et d’Afrique australe. aujourd’hui.
Certaines espèces, par exemple le crapaud marin et le ouaouaron américain, semblent relativement immunisées, alors qu’il existe également des preuves que des populations auparavant dévastées pourraient actuellement développer un certain degré de résistance à l’agent pathogène.
Étude couvrant 171 ans
Ici, Vredenburg et ses collègues ont d’abord utilisé la PCR quantitative en temps réel pour déterminer si 2 972 spécimens de musée étaient infectés par une souche connue de Bd. Ceux-ci avaient été collectés au Cameroun, en Éthiopie, au Kenya, au Lesotho, en Tanzanie et en Ouganda entre 1908 et 2013 et étaient conservés à la California Academy of Sciences, au Museum of Vertebrate Zoology de Berkeley et au Museum of Comparative Zoology de l’Université de Harvard. Ils ont également testé les prélèvements cutanés de 1 651 amphibiens vivants capturés entre 2011 et 2013 au Burundi, en Guinée équatoriale, au Cameroun et en République démocratique du Congo pour une infection par Bd. Enfin, ils ont parcouru la littérature scientifique entre 1852 et 2017 pour rechercher des enregistrements de la présence ou de l’absence d’infection visible à la chytridiomycose chez les amphibiens de toute l’Afrique. Au total, l’étude a analysé les schémas de présence d’agents pathogènes chez plus de 16 900 amphibiens.
Dans cette étude, ils présentent des estimations de la prévalence de l’infection à Bd au fil du temps pour l’Afrique dans son ensemble, les pays individuels et les régions.
Bogue du millénaire
Les résultats montrent que le premier amphibien positif au Bd dans l’ensemble de données datait de 1933 au Cameroun. La prévalence de l’infection dans l’ensemble de l’Afrique est restée inférieure à 5 % pour chaque décennie entre les années 1930 et 2000. Mais cette même année, la prévalence de l’infection a soudainement bondi à 17,2 % et a encore augmenté pour atteindre 21,6 % au cours des années 2010. Dans les pays pour lesquels davantage de données sont disponibles, comme le Cameroun, le Kenya, la Guinée équatoriale et le Burundi, ce bond après 2000 de la prévalence était encore plus prononcé : par exemple, jusqu’à 73,7 % des échantillons étaient infectés au Burundi.
Une exception était l’Afrique du Sud, où des échantillons positifs ont été trouvés dès 1943, et la prévalence de l’infection était relativement stable (environ 23,3 %, y compris la souche locale Bd-CAPE) des années 1970 jusqu’à la fin de l’étude.
Les auteurs concluent que depuis 2000, il y a eu une augmentation largement ignorée mais majeure de la prévalence de Bd, qui constitue une nouvelle menace pour les amphibiens à travers l’Afrique. Les régions les plus à risque sont l’Afrique orientale, centrale et occidentale.
Nous ne savons pas très bien pourquoi le changement semble le plus évident vers 2000 en Afrique, c’est-à-dire plus tard que sur les autres continents. Cela pourrait être dû au hasard.
Mais il existe également une hypothèse selon laquelle le stress induit par le changement climatique pourrait rendre les amphibiens plus sensibles aux agents pathogènes, ou que le climat peut changer de sorte que l’enveloppe climatique de l’agent pathogène devient plus courante. Il est probable que l’augmentation des voyages aériens des humains et du fret soit également un coupable.
La première chose à faire est de déterminer si les amphibiens dans les zones que nous avons identifiées comme étant à forte prévalence de Bd connaissent des épizooties. Ce dont nous avons besoin, c’est d’une image dynamique de l’interaction pathogène-hôte.
L’élimination de cet agent pathogène microscopique dans la nature n’est pas possible, mais nous savons que si on leur en donne l’occasion, de nombreuses espèces hôtes peuvent survivre. Étant donné que cet agent pathogène semble être déplacé à l’échelle mondiale par les humains, nous avons un impératif moral de nous impliquer et d’essayer de gérer et d’atténuer chaque fois que possible.
Dr Vance Vredenburg, professeur, San Francisco State University et University of California Museum of Vertebrate Zoology, Berkeley
