La base de connaissances OncoMX améliorera l'exploration et la recherche de biomarqueurs du cancer dans le contexte de preuves connexes, selon un article récent de la George Washington University (GW). L'article est publié dans le Journal of Clinical Oncology Clinical Cancer Informatics et fait partie d'une série spéciale intitulée «Outils informatiques pour la recherche et les soins liés au cancer».
Les biomarqueurs du cancer, une sorte d'empreinte biologique, sont des molécules dans les fluides corporels ou les tissus qui peuvent indiquer des processus associés à divers cancers. Avec l'augmentation de la recherche et du financement, plus de biomarqueurs potentiellement nouveaux du cancer sont signalés. Cependant, des défis subsistent en ce qui concerne la reproductibilité des résultats initiaux, la validation clinique et l'accès à des données de biomarqueurs harmonisées.
OncoMX, une base de connaissances et un portail Web pour explorer les données des biomarqueurs du cancer et les preuves connexes, a été développé pour intégrer le biomarqueur du cancer et les types de données pertinents dans un méta-portail, permettant la recherche de biomarqueurs du cancer côte à côte avec d'autres types de données multidimensionnelles pertinentes.
De nombreux groupes de recherche et consortiums ont mené des études faisant état de données sur les biomarqueurs du cancer potentiellement exploitables et disponibles. Il semble raisonnable que ces données puissent être combinées en une seule méta-ressource pour faciliter la recherche et l'exploration de biomarqueurs du cancer plus efficaces, mais la réalité est qu'il existe de nombreux défis pour combiner des données structurées de manière hétérogène de manière unifiée. «
Hayley Dingerdissen, Ph.D. étudiant à l'Institut GW pour les sciences biomédicales et premier auteur de l'article
Pour relever les défis associés à la collecte et à l'accès aux données, l'équipe d'OncoMX a travaillé pour intégrer les données publiques sur les biomarqueurs du cancer du Réseau de recherche sur la détection précoce (EDRN) et la FDA, ainsi que des données connexes supplémentaires sur les identifiants persistants, qui sont des références de longue durée. vers un document, un fichier, une page Web ou un autre objet. L'équipe a intégré des informations telles que la mutation du cancer, l'expression différentielle du cancer, la spécificité de l'expression du cancer, l'expression génique saine de l'homme et de la souris et les données de biomarqueurs.
Les données obtenues constituent la base de l'intégration de preuves de biomarqueurs hétérogènes, à l'aide du cadre BioCompute Object, dans OncoMX pour une exploration améliorée des biomarqueurs du cancer.
«OncoMX est conçu pour combiner les données pertinentes concernant les biomarqueurs existants avec les données nouvellement générées à mesure qu'elles deviennent disponibles, établissant une ressource personnalisée pour la recherche sur les biomarqueurs du cancer», a déclaré Raja Mazumder, PhD, professeur de biochimie et de médecine moléculaire à la GW School of Medicine and Health Sciences, membre du GW Cancer Center et auteur principal de l'étude. « L'accent mis sur l'unification des données de biomarqueurs basée sur l'ontologie et la comparaison croisée de diverses données expérimentales connexes, en particulier l'inclusion de résultats d'exploration minière à grande échelle, les biomarqueurs EDRN et FDA du NCI, et les données d'expression génique saine de Bgee sont uniques à OncoMX par rapport à d'autres ressources intégrées contre le cancer. «
Pour aller de l'avant, l'équipe d'OncoMX recherche activement de nouveaux types de données, tels que l'imagerie, les biomarqueurs de glycane, les cibles de médicaments, l'épissage alternatif, etc. Ils continuent également de travailler à l'extension du modèle de données à de nouveaux types, à l'intégration d'ensembles de données de la FDA pour des cancers supplémentaires à la demande des utilisateurs et à l'élargissement des références croisées aux principales ressources contre le cancer.
L'équipe de GW a collaboré avec des chercheurs du NASA Jet Propulsion Laboratory, du SIB Swiss Institute of Bioinformatics et de l'Université du Delaware.
La source:
Université George Washington
Référence de la revue:
Dingerdissen, H.M., et al. (2020) OncoMX: une base de connaissances pour explorer les biomarqueurs du cancer dans le contexte du cancer et des données saines connexes. JCO Clinical Cancer Informatics. doi.org/10.1200/CCI.19.00117.
