La pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) a causé de grands ravages dans le monde entier, directement par son impact sur la santé humaine et en raison des mesures non pharmaceutiques mises en œuvre pour atténuer sa propagation. Après un an de fermetures, de distanciation sociale, de port de masque et de fermetures d’entreprises et d’établissements d’enseignement, de multiples variantes du coronavirus 2 (SARS-CoV-2) responsable du syndrome respiratoire aigu sévère ont continué d’émerger en succession rapide dans différentes parties du monde.
Un nouveau Hôte cellulaire et microbe L’étude explique comment les mutations d’échappement immunitaire permettent à une variante récente du SRAS-CoV-2 d’échapper aux anticorps neutralisants et de provoquer des infections percées parmi les populations immunitaires.
Étude: Évasion des réponses d’anticorps neutralisants par la variante SARS-CoV-2 BA.2.75. Crédit d’image : Sternfahrer / Shutterstock.com
Introduction
Parmi les différentes variantes du SRAS-CoV-2 détectées, les plus notables étaient souvent des variantes d’échappement immunitaire capables de provoquer une réinfection et des infections percées après une infection naturelle et une vaccination, respectivement. D’autres variantes capables d’une transmission plus rapide et plus large ou d’une maladie plus virulente ont été appelées variantes préoccupantes du SRAS-CoV-2 (VOC).
La variante SARS-CoV-2 Omicron est le COV le plus récent à avoir été détecté. Plusieurs sous-variantes d’Omicron sont actuellement en circulation, ce qui explique les multiples ondes d’Omicron enregistrées depuis son émergence initiale. Ceux-ci incluent le BA.1 initial suivi du BA.2, ce dernier associé à des avantages biologiques spécifiques.
BA.2 a évolué en plusieurs sous-variantes, y compris les anciens BA 2.12.1 et BA 2.75, qui ont depuis été remplacés par BA.4 et BA.5. BA.4 et BA.5 ont la même protéine de pointe et la même mutation L452R qui est associée à un degré élevé de résistance aux anticorps neutralisants.
BA 2.75 se répand maintenant en Asie du Sud-Est ; cependant, il a également été identifié dans d’autres pays du monde. Cette sous-variante comprend neuf mutations de pointe, dont plusieurs résident dans le domaine de liaison au récepteur (RBD), qui peuvent entraîner ses caractéristiques d’évasion immunitaire.
L’étude actuelle visait à examiner cet aspect de BA.2.75 en utilisant des anticorps neutralisants (nAbs) dans le sérum de travailleurs de la santé (HCW) vaccinés avec des vaccins à acide ribonucléique messager (ARNm), soit des doses primaires ou de rappel, ainsi que des patients hospitalisés pendant l’Omicron surtension.
Conclusion de l’étude
BA.2.75 semble avoir une résistance à la neutralisation accrue par rapport à BA.2 lorsqu’il est testé contre les deux types de sérums immuns. Les deux sous-types d’Omicron étaient fortement résistants aux nAb par rapport à la souche ancestrale D614G. Seuls quelques échantillons de travailleurs de la santé avaient des titres de neutralisation de 50 % (NT50) supérieurs à la limite de quantification après deux doses d’un vaccin à ARNm.
A l’inverse, une dose de rappel a semblé restaurer la capacité neutralisante contre Omicron, quels que soient les sous-variants. Cependant, la réponse neutralisante était cinq fois plus faible contre BA.2.75 par rapport à D614G et quatre fois plus faible contre BA.2 et BA.2.12.1. Malgré cela, BA.2.75 a été neutralisé plus puissamment que BA.4 ou BA.5, qui a montré une fuite de 10 fois par rapport à D614G.
Suite à une infection modérée à sévère par Omicron, la réponse nAb était inférieure à celle après trois doses de vaccin, y compris un rappel d’ARNm. Dans ces échantillons, BA.2 et BA.2.75 avaient une résistance similaire aux nAbs ; la neutralisation était bien moindre contre BA.4/5.
Deux ou trois doses de vaccin ont augmenté les titres de nAb contre BA.2.75 deux fois et cinq fois moins que D614G, respectivement. Chez les patients non vaccinés, les deux ont montré une neutralisation comparable, tout comme BA.2.
Les chercheurs ont identifié les mutations G446S et N460K, ainsi que la mutation de réversion R493Q, comme responsables de l’échappement amélioré des nAb avec BA.2.75 par rapport à BA.2. Le R493Q restaure les épitopes neutralisants, au moins en partie, dans le BA.2.75 par rapport à leur perte dans le BA.2.
Omicron montre une fusogénicité réduite, une fusion accrue entre le virus et les membranes cellulaires pour accomplir l’entrée virale dans la cellule cible hôte. Bien que cela soit vrai pour tous les sous-types d’Omicron, BA.2.75 est plus fusogène que BA.2, produisant des syncytia deux fois plus grandes que BA.2.
À l’aide d’une analyse mutationnelle, les chercheurs ont découvert que cela était lié à la mutation N460K. De plus, cette mutation augmente probablement le traitement des pointes, entraînant une augmentation de 40 % et 70 % de la proportion de sous-unités de pointe S1 et S2, respectivement, par rapport à la protéine de pointe.
La modélisation structurelle a montré les modes potentiels par lesquels ces mutations clés ont affecté la structure et les interactions de l’ectodomaine de la pointe ou du RBD dans le complexe récepteur BA.2.75 par rapport aux complexes récepteurs pointe BA.1/BA.2.
conclusion
Les résultats de l’étude indiquent que BA.2.75 pourrait avoir des mutations compensatoires pour échapper aux anticorps neutralisants tout en améliorant la liaison aux récepteurs de pointe. La mutation G446S affecte un épitope différent de R493Q et provoque un encombrement stérique à la liaison des nAb. Le résultat peut être une sensibilité altérée aux atn de classe II et III.
La mutation N460K dans BA.2.75 pourrait améliorer la formation de syncytia, peut-être grâce à ses interactions avec un glycane récepteur qui peut échapper à la détection dans les environnements de laboratoire typiques. D’autres glycanes trouvés à proximité de plusieurs des mutations trouvées dans ce sous-type d’Omicron aident à renforcer le réseau d’interactions hydrophobes, stabilisant ainsi la conformation de la protéine et sa liaison au récepteur.
D’autres études devraient examiner comment BA.2.75 répond aux attrapes induits par les nouveaux vaccins de rappel bivalents. En outre, des approches expérimentales représentant plus précisément la structure de ces protéines, telles que la cristallographie aux rayons X ou la microscopie cryoélectronique, seront nécessaires pour aider à expliquer ces résultats et l’analyse de la mutagenèse fonctionnelle.
