Une nouvelle étude identifie le retard moteur et l'hypotonie comme des prédicteurs clés des diagnostics génétiques, offrant ainsi un outil pratique pour guider les cliniciens dans les soins neurodéveloppementaux.
Étude: Facteurs cliniques associés au diagnostic génétique en cas de suspicion de troubles neurogénétiques dans une clinique de soins tertiaires. Crédit d’image : Gorodenkoff/Shutterstock.com
Dans une étude récente publiée dans La génétique en médecine, un groupe de chercheurs a identifié des facteurs cliniques associés aux diagnostics génétiques chez les patients atteints de troubles neurodéveloppementaux (NDD) (affecte le développement du cerveau, provoquant des retards cognitifs ou moteurs) et a développé un outil de décision pour guider les décisions en matière de tests génétiques.
Sommaire
Arrière-plan
Les TND, tels que le retard global de développement, les troubles du spectre autistique (TSA) (impactent les interactions sociales et la communication avec des comportements répétitifs) et la déficience intellectuelle, ont une héritabilité génétique importante.
Les progrès des tests génétiques, notamment les micropuces chromosomiques (CMA) et le séquençage de l’exome (ES), ont amélioré les taux de diagnostic. Avec la CMA, les variantes génétiques sont identifiées dans 10 à 20 % des cas, et avec l'ES dans plus de 40 %.
Des études montrent que les personnes ayant un diagnostic génétique présentent souvent davantage de comorbidités médicales. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour valider les outils de décision et identifier des facteurs phénotypiques supplémentaires afin d'améliorer la précision du diagnostic génétique dans différentes populations cliniques.
À propos de l'étude
Dans la présente étude, 110 patients, ainsi que leurs tuteurs légaux, ont donné leur consentement éclairé pour la collecte prospective de données cliniques. De plus, les dossiers de 206 patients ont été examinés rétrospectivement dans le cadre d'une dérogation approuvée par l'Institutional Review Board (IRB).
Les données de tous les patients ont été extraites manuellement du dossier de santé électronique de l’Université de Californie à Los Angeles (UCLA) et codées dans une base de données cryptée. Soixante-dix patients ont été exclus en raison de tests génétiques incomplets ou d’un manque d’autorisation d’assurance.
Les patients ont été inclus s'ils présentaient un trouble neurogénétique connu ou suspecté et s'ils avaient effectué au moins un test génétique, tel que CMA, test de l'X fragile, test mitochondrial. Acide désoxyribonucléique (ADN), séquençage monogénique ou ES.
L’étude a créé trois cohortes basées sur les résultats de tests génétiques : pathogènes ou probablement pathogènes (P/LP), négatifs et un sous-ensemble ES-négatif. Les données cliniques, notamment l'âge aux jalons, les antécédents de retards moteurs et de langage, les cardiopathies congénitales et d'autres facteurs, ont été extraites et codées pour analyse.
Les analyses statistiques ont commencé avec χ2 tests et tests de Wilcoxon à deux échantillons pour explorer les associations entre les variables cliniques et le diagnostic génétique. Par la suite, une analyse de régression logistique, de classification et d’arbre de régression (CART) a été utilisée pour identifier les caractéristiques cliniques les plus fortement associées à un diagnostic génétique.
Résultats de l'étude
La cohorte de l’étude était composée de 246 patients référés à la clinique du Centre de recherche et de traitement de l’autisme de l’UCLA en neurogénétique (CARING), une clinique universitaire multidisciplinaire du système de santé, entre le 1er janvier 2014 et le 1er janvier 2019.
Les références provenaient de médecins appartenant ou non au système universitaire, de groupes de défense des patients, d'études de recherche et d'auto-références de familles.
Tous les patients inclus dans l’étude avaient effectué au moins un test génétique, dont les résultats étaient disponibles dans leur dossier de santé électronique (DSE). Sur les 246 patients, 153 avaient subi des tests génétiques avant d'être référés à la clinique, 47 avaient subi des tests avant et après leur référence, et 46 avaient subi tous les tests après leur référence.
Parmi les 246 patients, 152 (61,8 %) présentaient une variante P/LP, tandis que 94 (38 %) n'avaient aucune variante, des variantes bénignes ou des variantes de signification incertaine (VUS). La cohorte P/LP comprenait 62 diagnostics génétiques différents, avec 12 diagnostics récurrents partagés par deux patients ou plus, tandis que 50 diagnostics étaient uniques à chaque patient.
La cohorte négative a subi divers tests, le plus courant étant la CMA réalisée sur 76 patients. Un sous-ensemble de 33 patients de la cohorte négative a également subi une ES et a servi de groupe témoin négatif plus strict.
Les patients présentant une variante P/LP étaient plus susceptibles d'être des femmes (47 % contre 20 % et 12 % dans les cohortes négative et ES-négative, respectivement). L’âge moyen de présentation dans le groupe d’étude était de 9,4 ans, sans différence d’âge significative entre les trois cohortes.
Il n’y avait pas de différences substantielles dans la répartition raciale ou ethnique entre les groupes, les patients blancs étant le groupe prédominant.
L'analyse de régression logistique a identifié plusieurs caractéristiques des patients associées à une probabilité plus élevée d'avoir une variante P/LP. Les patients ayant des antécédents de retard moteur présentaient un risque significativement plus élevé d'avoir une variante P/LP par rapport à ceux sans retard moteur.
D'autres facteurs associés à une probabilité accrue comprenaient les cardiopathies congénitales, l'hypotonie et une intervention précoce. Pour chaque mois de retard dans la marche, la probabilité d’une variante P/LP augmentait de 5 à 11 %. Des antécédents de retard de langage étaient également associés aux variantes P/LP par rapport à la cohorte ES-négative.
Grâce à l'analyse CART, l'étude a révélé que le retard moteur était le principal prédicteur d'un diagnostic génétique, classant correctement 75 % des patients présentant une variante P/LP. D'autres facteurs, tels que l'âge de la marche, l'hypotonie et l'âge lors de l'évaluation initiale, ont encore amélioré la précision de la classification.
Conclusions
En résumé, cette étude a confirmé que le retard moteur, le sexe féminin et l’hypotonie étaient fortement associés à une probabilité accrue d’avoir un diagnostic génétique. Chaque retard d’un mois dans la marche augmentait de 5 à 11 % la probabilité d’une variante pathogène ou probablement pathogène.
Les cardiopathies congénitales étaient également liées aux diagnostics génétiques, mais pas l'épilepsie, peut-être en raison des caractéristiques de l'échantillon. Enfin, l’analyse CART a montré que le retard moteur et l’hypotonie étaient des facteurs de dépistage utiles pour les tests génétiques.
