international HUPO, Bruker Corporation a annoncé aujourd'hui de nouveaux ajouts d'apprentissage automatique à Bruker ProteoScape™ logiciel pour l'immunopeptidomique et l'analyse PTM. De plus, le nouveau OmniScape™ les flux de travail permettent une identification de novo et une caractérisation des protéoformes rapides et sûres. Augmentation du lancement du timsOmni™l'intégration de SampleStream d'IPT™ La technologie permet une analyse descendante des protéoformes à haut débit, combinant la récupération et le nettoyage des échantillons pour la recherche biopharmaceutique avancée.
Sommaire
A. ProtéoScape™ intègre l'apprentissage automatique avancé avec TIMS DIA-NN, Spectronaut® 20, pour l'immunopeptidomique, le PTM et la découverte de néoépitopes de novo.
ProtéoScape de Bruker™ La plateforme propose désormais plusieurs ajouts axés sur l'immunopeptidomique et les modifications post-traductionnelles (PTM), fournissant une protéomique à haut débit et à haute sensibilité, avec Spectronaut® 20 (SN20). SN20 propose le nouveau moteur de recherche Kuiper, spécialement conçu pour les recherches immunopeptidomiques et PTM.
Le professeur Oliver Schilling de l'Institut de pathologie chirurgicale, centre médical de l'Université de Fribourg, Fribourg, Allemagne, a déclaré : « Le Bruker ProteoScape™ La plate-forme, avec Spectronaut et TIMS DIA-NN intégrés, a considérablement amélioré notre capacité à analyser de manière fiable des échantillons dérivés de patients pour une oncologie de précision. Nous pouvons désormais effectuer des analyses précises et complètes d’échantillons cliniques complexes en temps réel, ce qui nous permet de transformer rapidement les données de spectrométrie de masse en une ressource puissante susceptible d’avoir un impact direct sur les décisions médicales. Combinée au module ProteoScape Novor, cette configuration facilite la manipulation et l'analyse en toute confiance des peptides de novo, ce qui a changé la donne pour notre recherche en immunopeptidomique et constitue une étape importante vers une compréhension plus approfondie du paysage immunitaire du cancer.
De plus, ProteoScape™ propose désormais TagGraph du laboratoire Elias du CZ Biohub, qui permet une découverte évolutive de néopeptides en alignant les résultats de séquençage de novo de
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ProtéoScape™ Novor avec des bases de données de séquences, introduisant des modifications et des substitutions d'acides aminés pour découvrir des peptides modifiés. Associés à une nouvelle visualisation des motifs peptidiques, ces outils permettent une analyse précise des peptides présentés par HLA à partir de l'échantillon le plus bas.
Dr Joshua Elias, CZ Biohub : « En intégrant TagGraph dans Bruker ProteoScape sur la plateforme timsTOF, nous avons contribué à automatiser les recherches de modifications ouvertes dans la protéomique basée sur la spectrométrie de masse. Cette implémentation rationalise l'alignement du séquençage de novo, élargissant considérablement les identifications de peptides et introduisant des modifications et des substitutions d'acides aminés si nécessaire. plus accessibles, contribuant ainsi à les établir en tant que fonctionnalité standard dans les flux de travail protéomiques.
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B. Nouveaux flux de travail de glycoprotéomique de novo avec timsOmni™ et OmniScape permettent une caractérisation fiable des protéoformes
Avec la version 2026 d'OmniScape, Bruker introduit des améliorations significatives pour son flux de travail protéomique de novo. Des avancées notables incluent le score spécifique aux résidus et la visualisation via une carte thermique de séquence de confiance pour la validation des résultats. De plus, l'avantage unique de l'activation électronique (ECD, EXD et EID) sur le timsOmni™ a été démontré pour une analyse complète des glycopeptides. Des structures de glycanes étendues ont été préservées sur le squelette peptidique, permettant ainsi des recherches plus approfondies sur la topologie des glycopeptides biologiquement hautement pertinentes grâce à la SEP.n expériences (Figure 2). La polyvalence de timsOmni™ permet aux scientifiques de localiser avec précision les fragments glycanes et d’obtenir des informations détaillées sur les PTM, faisant ainsi progresser la compréhension structurelle et fonctionnelle des réseaux biologiques.
Graphique 2. ECciD sur timsOmni™ – Analyse des peptides de transferrine révélant les structures des glycanes et les informations préservées sur le squelette peptidique. Crédit d’image : Bruker
Dr Francisco Alberto Fernandez Lima, CRF, États-Unis : « Notre laboratoire a largement utilisé OmniScape pour la validation de séquences protéine-PTM de novo et descendante à partir d'ensembles de données ExD et UVPD provenant d'instruments timsTOF et MRM-MS. Différente des approches alternatives, OmniScape est plus conviviale et permet l'attribution/confirmation interactive de fragments de protéoformes, y compris les PTM de niveau AA variables, l'étalonnage interne m/z et la recherche MS-BLAST pour les demandes de données dans la base de données. «
C. Bruker et IPT lancent SampleStream™–timsOmni™ intégration pour le profilage automatisé et à haut débit des protéoformes intactes.
Le flux d'échantillons™ La technologie d'IPT permet et rationalise l'analyse des protéoformes par spectrométrie de masse, offrant une récupération exceptionnelle des échantillons et un nettoyage efficace. La combinaison de la SEPn enrichissement sur le timsOmni™ avec le SampleStream™ Cette technologie est particulièrement adaptée à l’analyse des protéoformes à haut débit.
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Graphique 3. Flux d'échantillons IPT™ intégré dans un Bruker Elute HT couplé au timsOmni™. Crédit d’image : Bruker
Ensemble, nous voyons une opportunité significative d’apporter l’analyse des protéines intactes et descendantes à haut débit à un marché mondial plus large. L'intégration de SampleStream au système timsOmni récemment lancé par Bruker représente une combinaison puissante qui pourrait accélérer l'innovation et l'adoption de ces types de données dans les domaines de la protéomique, de la biopharmacie et de la recherche clinique.
Dr Philip Compton, PDG, Integrated Protein Technologies, Inc.
Daniel Hornburg, vice-président, biomarqueurs et médecine de précision, Bruker. « La protéomique évolue rapidement au-delà des cartes canoniques des protéines. Avec les innovations de Bruker, nous repoussons les limites de l'analyse ascendante, par exemple pour les PTM et les néoantigènes du cancer, et en même temps, rendons le profilage des protéoformes plus efficace, plus accessible et plus fiable. En comblant l'écart entre ces mondes, nous donnons aux scientifiques les outils nécessaires pour voir la biologie telle qu'elle fonctionne réellement et étudier la santé et la maladie. «
