Un récent éditorial publié dans le Journal de virologie ont résumé les preuves sur les hypothèses d’origine du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2).
Deux hypothèses principales sur l’origine du SRAS-CoV-2 sont débattues – la zoonose directe et la fuite en laboratoire. Le premier déclare que le SRAS-CoV-2 est apparu en raison d’une propagation naturelle des animaux aux humains, suivie d’une transmission soutenue chez les humains. Selon l’hypothèse de fuite de laboratoire, les chercheurs ont créé ou cultivé le SRAS-CoV-2, et une exposition accidentelle a entraîné la pandémie.
Éditorial : Une analyse critique des preuves des hypothèses d’origine du SRAS-CoV-2. Crédit d’image : NIAID
Les preuves scientifiques ne peuvent à elles seules apporter une réponse définitive. L’établissement de l’hypothèse d’une fuite en laboratoire nécessite des preuves de la part de l’Institut de virologie de Wuhan (WIV) qu’il travaillait sur un CoV étroitement lié à la souche SARS-CoV-2 Wuhan. Si un tel travail avait été entrepris à l’institut, les premiers cas de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) auraient pu être parmi le personnel de WIV. Bien que la Chine ait réfuté cela, la transparence fait défaut.
L’établissement de l’hypothèse de la zoonose nécessiterait des preuves des événements de débordement. Cependant, cela est difficile car les événements de débordement auraient pu passer inaperçus. En outre, les niveaux de certitude pour prouver définitivement l’une ou l’autre hypothèse diffèrent considérablement. Par conséquent, l’examen des meilleures preuves disponibles ne peut que faire la lumière sur la viabilité de ces hypothèses. En tant que tels, les chercheurs de la présente étude postulent et analysent de manière critique plusieurs hypothèses sur l’origine du SRAS-CoV-2.
Sommaire
Hypothèse 1 – Le SRAS-CoV-2 est issu d’un CoV adapté en laboratoire
Si le SRAS-CoV-2 avait une origine en laboratoire, le génome viral contiendrait des signatures dues à la propagation en laboratoire. De nombreux chercheurs ont cultivé des isolats humains du SRAS-CoV-2 au cours des trois dernières années et ont systématiquement observé la suppression du site de clivage de la furine dans la protéine de pointe. Cependant, les premiers isolats du SRAS-CoV-2 contiennent un site de clivage intact de la furine, ce qui va à l’encontre de l’hypothèse selon laquelle le SRAS-CoV-2 a été introduit chez l’homme après culture en laboratoire.
Hypothèse 2 – Le SRAS-CoV-2 a été produit en laboratoire
Bien que certains rapports suggèrent que le SARS-CoV-2 contient des caractéristiques de la technologie de l’ADN recombinant, cette théorie a été réfutée, y compris par la communauté du renseignement des États-Unis (US). Des études récentes suggèrent que les acides aminés N-terminaux du site de clivage de la furine, comprenant la boucle de clivage, sont essentiels. La longueur de la boucle et un site de glycosylation définissent la contribution du site de clivage à la virulence du SRAS-CoV-2. Comme cela n’a pas été compris avant 2020, l’ingénierie délibérée du site de clivage pour améliorer la pathogenèse virale était improbable sans cette information.
Hypothèse 3 – Le SRAS-CoV-2 était une zoonose de chauve-souris introduite chez l’homme
Les espèces de chauves-souris sont les hôtes de divers CoV. Depuis l’épidémie de SRAS-CoV de 2003, les chauves-souris sont connues pour servir de réservoir de CoV avec un potentiel de débordement. De vastes efforts d’épidémiologie moléculaire et de surveillance ont identifié les civettes sur les marchés vivants du Guangdong comme la source proximale du SRAS-CoV. À leur tour, ces chats ont probablement été infectés par des chauves-souris.
Alors qu’un hôte intermédiaire pour le SRAS-CoV-2 n’a pas encore été identifié, une émergence similaire est possible. Les analyses phylogénétiques ont révélé un écart évolutif considérable entre les CoV de chauve-souris étroitement apparentés et le SRAS-CoV-2. Par exemple, RaTG13, le CoV de chauve-souris le plus étroitement apparenté, diffère des isolats initiaux du SRAS-CoV-2 de plus de 1000 nucléotides, ce qui équivaut à une distance génétique d’environ 4 %.
Par conséquent, RaTG13 n’est pas un ancêtre proximal. Cependant, étant donné le manque de transparence, les virus dans le laboratoire WIV n’ont pas pu être vérifiés de manière indépendante. De plus, des taux de recombinaison élevés sont observés dans le Sarbecovirus sous-genre. La recombinaison produit des génomes chimériques, augmentant la diversité des CoV et rendant le traçage des ancêtres plus complexe.
Ainsi, les signatures de recombinaison dans le génome du SRAS-CoV-2 n’indiquent pas nécessairement une origine zoonotique/de laboratoire. Des anticorps anti-CoV de chauve-souris ont été détectés chez des individus vivant à proximité de grottes en Chine. Récemment, des anticorps dirigés contre le nouveau rhabdovirus isolé de chauves-souris ont été détectés chez des personnes vivant à proximité du site de prélèvement, contribuant à prouver que ces animaux peuvent héberger des virus qui infectent les humains.
Hypothèse 4 – Les premiers cas de COVID-19 suggèrent l’origine du SRAS-CoV-2
Parmi les 174 premiers cas de COVID-19 en décembre 2019, environ 50 % d’entre eux étaient liés à un marché, et en particulier, environ un quart étaient associés au marché de gros des fruits de mer de Huanan. Aucun scientifique ne travaillait sur les chauves-souris CoV. Les premières phases de l’épidémie de COVID-19 ont clairement montré un lien avec ce marché. De plus, les premières infections à Wuhan impliquaient deux lignées de SARS-CoV-2, suggérant de multiples événements de débordement chez l’homme.
Remarques finales
Sur la base des preuves existantes, il est peu probable que le SRAS-CoV-2 soit un virus adapté au laboratoire ou qu’il ait été créé en laboratoire. De même, les données scientifiques disponibles favorisent l’hypothèse de la zoonose. À mesure que de nouvelles preuves émergeront, la compréhension de l’origine du SRAS-CoV-2 évoluera. Cependant, il est également probable que l’origine ne soit jamais connue de manière concluante.
