Leçons tirées de trois clusters COVID-19 de Singapour

Une étude publiée dans la revue The Lancet en mars 2020 rend compte de trois groupes de COVID-19 qui se sont produits à Singapour en février 2020. Le premier était dû à un groupe de touristes, le second à une conférence d'entreprise et le troisième à une réunion d'église.

L'histoire

Les chercheurs ont examiné les événements survenus chez et autour des femmes séropositives au COVID-19. Ils ont pris un profil épidémiologique et clinique de chacun d'eux, en utilisant les dossiers des patients hospitalisés, des entretiens et des études sur le terrain. L'objectif était de refléter la façon dont le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) se propage et comment les gens interagissent. Les scientifiques ont également utilisé des données open source à l'étranger pour des cas à l'étranger.

C'est le dernier jour de l'année 2019 qu'un groupe de personnes atteintes de pneumonie virale a été diagnostiqué à Wuhan, en Chine. La maladie a ensuite été appelée maladie des coronavirus 2019 ou COVID-19. Plus tard, les cas se sont multipliés à Wuhan, suggérant que la communauté s'est propagée. Le résultat a été un verrouillage de Wuhan puis d'autres villes de la province.

Au 30 janvier 2020, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) l'avait déclarée urgence de santé publique de portée internationale. Au cours du mois suivant, la propagation comprenait près de 100 000 cas et près de 3 400 décès.

Nouveau coronavirus SARS-CoV-2 Micrographie électronique à transmission de particules de virus SARS-CoV-2, isolée d'un patient. Image capturée et améliorée en couleurs au NIAID Integrated Research Facility (IRF) de Fort Detrick, Maryland. Crédits: NIAID

La réponse de Singapour

Singapour a commencé très tôt à se préparer aux cas inévitables pour limiter la propagation. Le 23 janvier 2020, le gouvernement a confirmé le premier cas – le même jour, les vols de Wuhan à Singapour ont été arrêtés. Au 22 février 2020, près de 90 résidents de Singapour étaient infectés.

Les 18 premiers cas étaient des voyageurs récents à Wuhan. De plus, les scientifiques de Singapour ont retracé trois groupes de contacts issus d'un groupe de touristes chinois, d'une conférence tenue par une entreprise et d'une église.

La recherche visait à répondre aux questions:

• À quel point le virus est-il infectieux?
• Comment se propage-t-il et comment limiter sa propagation?
• Comment améliorer la surveillance et la détection de nouveaux cas?

L'étude tente également de trouver la période d'incubation du SARS-CoV-2 et la période pendant laquelle un cas se propage au suivant – une paire de transmission. Les chercheurs ont interviewé des cas confirmés pour trouver leur profil démographique, leurs symptômes et les schémas d'activité au cours des 14 jours avant l'apparition des symptômes jusqu'à ce que le patient soit isolé dans un hôpital.

Les enquêteurs ont également effectué la recherche des contacts, trouvant des personnes qui ont passé un temps raisonnable à moins de 2 mètres d'un cas confirmé (contacts étroits) et d'autres contacts. Les contacts étroits ont été mis en quarantaine pendant 14 jours à compter de la dernière exposition au cas confirmé, à domicile ou dans des installations de quarantaine avec une surveillance quotidienne et un isolement avec des tests si des symptômes se développaient. Les personnes mises en quarantaine à domicile ont été appelées par vidéo trois fois par jour pour vérifier leur emplacement et, si nécessaire, des dispositifs de suivi continu ont été utilisés pour étiqueter ceux qui sont sortis indépendamment de la quarantaine. D'autres contacts ont été placés sous surveillance téléphonique ou autosurveillance, en fonction de leur niveau de risque.

Ils ont demandé aux patients confirmés s'ils pouvaient avoir été en contact avec des cas confirmés à l'étranger au cours des deux semaines précédant l'apparition des premiers symptômes. Ils ont également utilisé des données open source pour suivre la propagation secondaire dans chacun des groupes de cas.

Les résultats

L'étude a montré que 36 cas de COVID-19 se sont produits par rapport aux trois premiers groupes de dissémination locale. Celles-ci ont été identifiées par le ministère de la Santé de Singapour le 3 février, le 5 février et le 8 février 2020. Les chercheurs ont tracé des voies de contact possibles dans tous les clusters et ont pu trouver le temps d'incubation médian à quatre jours. L'intervalle en série pour la transmission au sein d'une famille unique était de 3 à 8 jours.

Ils ont également constaté qu'environ 31% des paires de transmission étaient liées à une seule personne alors qu'il n'y avait pas de propagation avec 32 des cas.

Les symptômes les plus courants étaient la fièvre et la toux chez 88% et 82% des patients, respectivement. Environ 70% ont développé des opacités pulmonaires sur la radiographie pulmonaire. Une lymphopénie et une thrombocytopénie sont survenues chez un nombre important de personnes. La plupart des gens ont connu une résolution en quelques jours, mais l'excrétion virale du nasopharynx s'est poursuivie pendant 3 à 9 jours. Deux patients ont développé une détresse respiratoire aiguë et ont dû être intubés et transférés à l'unité de soins intensifs. Aucun décès n'a été enregistré.

Malgré l'utilisation de filtres thermiques sur les vols en provenance de Wuhan, et plus tard, tous les vols en provenance de Chine, les cas qui ont déclenché la transmission au sein de ces grappes n'ont probablement pas été détectés lorsqu'ils sont entrés à Singapour car leur température était normale à l'époque. Ces cas provenaient probablement de Chine avant le verrouillage de Wuhan.

Surveillance nécessaire pour bloquer la transmission

Les scientifiques disent que tout pays ayant un taux élevé de voyages vers et depuis la Chine devrait avoir un programme de surveillance vigoureux pour rechercher les cas non seulement parmi ceux qui ont été en Chine mais aussi dans leur communauté de contact. Cette surveillance rapide et approfondie suivie d'une mise en quarantaine immédiate des contacts étroits garantira que la transmission par cette chaîne s'arrête là.

Il n'en demeure pas moins que parmi 425 contacts étroits de cas de COVID-19, deux seulement ont développé la maladie, mais la plupart ne l'ont pas fait. Les auteurs disent que cela soulève «l'hypothèse selon laquelle quelques événements de propagation peuvent entraîner des grappes de transmission, alors que dans la plupart des cas, la transmission s'est terminée».

Deuxièmement, le partage mondial des données sur les cas est essentiel pour rechercher des cas et contenir la transmission.

Troisièmement, il y a eu une interaction prolongée entre le cas index suspect et les contacts qui sont ensuite tombés malades. Ainsi, le virus pourrait être directement transmis via des surfaces touchées par les patients et les autres. L'hygiène des mains est donc primordiale pour interrompre la chaîne de transmission.

Les auteurs concluent: «Il est important pour les pays de rechercher activement les cas parmi les contacts étroits des cas pour empêcher la propagation des grappes.»