Dans une récente étude publiée sur bioRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont effectué une en silicone analyse pour estimer les risques relatifs des variantes récemment apparues du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2).
Sommaire
Fond
La pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) a provoqué une morbidité et une mortalité sans précédent dans le monde. L’émergence continue de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2, avec une plus grande infectivité, virulence, transmissibilité et évasion immunitaire, a remis en question l’efficacité des vaccins COVID-19 et d’autres agents thérapeutiques tels que les anticorps monoclonaux.
Au cours des premiers jours de 2023, la sous-variante BQ.1, la sous-variante XBB.1 et la sous-variante XBB.1.5 de la variante Omicron ont été identifiées et estimées comme augmentant le risque d’épidémies dans les temps à venir. Les efforts continus de surveillance du SARS-CoV-2 et la recherche génomique sont essentiels pour améliorer la compréhension des caractéristiques virologiques des nouvelles variantes du SARS-CoV-2 et guider le développement de traitements anti-SARS-CoV-2 actualisés, larges et plus efficaces.
Les auteurs de la présente étude ont précédemment étudié le degré d’infectiosité des variants du SARS-CoV-2, Alpha (B.1.1.7), Beta (B.1.351), Gamma (P.1), Delta (B.1.617.2 ), les sous-variantes Omicron (B.1.1.529), BA.1, la sous-variante Omicron BA.2 et la sous-variante Omicron BA.2.75 en termes de ratio par souche SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 et les distances évolutives de les gènes variants de la pointe (S) de celui de l’ancêtre Wuhan-Hu-1 S.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont étendu leur analyse précédente en estimant les risques épidémiques pour la sous-variante BQ.1 récemment apparue, la sous-variante XBB.1 et la sous-variante XBB.1.5 d’Omicron.
Des simulations d’amarrage moléculaire du domaine de liaison au récepteur de la protéine S (RBD) des interactions BQ.1, XBB.1 et XBB.1.5 avec les récepteurs ACE2 (enzyme de conversion de l’angiotensine 2) de l’hôte ont été réalisées pour évaluer les affinités de liaison du SRAS -Variantes et sous-variantes du CoV-2, avec ACE2.
Les séquences de gènes de pointe des variantes ont été extraites de la base de données NCBI et des informations sur les mutations de la protéine variante S ont été obtenues à partir du site Web https://covariants.org.
En outre, les distances évolutives des gènes de pointe de la variante SARS-CoV-2 Alpha, variante Beta, variante Gamma, variante Delta, sous-variante Omicron BA.1, sous-variante Omicron BA.2, sous-variante Omicron BA.4/5, Omicron BA. 2.75, sous-variante Omicron BQ.1, sous-variante Omicron XBB.1 et sous-variante Omicron XBB.1.5) des gènes S de la souche Wuhan-Hu-1, variantes Omicron BA.1 et Omicron BA.4/5, en termes absolus , ont été déterminés pour évaluer les changements évolutifs du SARS-CoV-2.
Résultats
La sous-variante Omicron XBB.1.5 a montré la plus grande affinité de liaison à l’ACE2, indiquant la plus grande infectiosité, les faibles effets des vaccins COVID-19 et la plus grande tendance à provoquer une épidémie à l’avenir. Les distances évolutives de la sous-variante Omicron BQ.1, de la sous-variante Omicron XBB.1 et de la sous-variante Omicron XBB.1.5 ont montré que la sous-variante BQ.1 avait une courte distance phylogénétique par rapport à la sous-variante Omicron BA.4/5, indiquant qu’Omicron BA. Les vaccins basés sur le sous-variant 4/5 seraient d’une efficacité équivalente contre le sous-variant BQ.1.
De plus, les longues distances de la sous-variante XBB.1 et de la sous-variante XBB.1.5 du gène Wuhan-Hu-1 S ont indiqué que les vaccins COVID-19 existants seraient moins efficaces contre les sous-variantes, soulignant le besoin de vaccins mis à jour.
Les affinités de liaison ACE2 pour les protéines de pointe (en termes de ratios par souche SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1) pour la souche Wuhan-Hu-1, la variante Alpha, la variante Beta, la variante Gamma, la variante Delta, le BA.1 d’Omicron sous-variante Omicron BA.2, sous-variante Omicron BA.4/5, sous-variante Omicron BA.2.75, sous-variante Omicron BQ.1, sous-variante Omicron BQ.1, sous-variante Omicron XBB.1 et sous-variante XBB.1.5 étaient de 1,0, 1,2, 1.2, 1.3, 2.1, 1.6, 2.5, 2.2, 2.9, 3.1, 1.9 et 3.0, respectivement.
Les distances évolutives pour les gènes de pointe (du gène de pointe de la souche Wuhan-Hu-1) x 10-3 pour Alpha, Beta, Gamma, Delta, BA.1, Omicron BA.2, Omicron BA.4/5, Omicron BA.2.75, Omicron BQ.1, Omicron BQ.1, Omicron XBB.1 et XBB.1.5, en termes absolus, étaient de 2,1, 2,1, 3,5, 3,2, 11,5, 8,3, 9,2, 10,9, 10,0, 12,4 et 13,1, respectivement.
Les distances évolutives des gènes de pointe de BA.1 x 10-3 pour la sous-variante BA.2 d’Omicron, la sous-variante BA.4/5, la sous-variante BA.2.75, la sous-variante BQ.1, la sous-variante XBB.1 et la sous-variante XBB.1.5, en termes absolus, étaient de 5,6, 6,5, 8,3, 7,4, 9,8 et 10.4, respectivement. Les distances évolutives des gènes de pointe de la sous-variante BQ.1, de la sous-variante XBB.1 et de la sous-variante XBB.1.5 d’Omicron à partir de la sous-variante Omicron BA.4/5 x 10-3en termes absolus, étaient respectivement de 2,9, 0,9, 4,4 et 5,1.
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont montré que la sous-variante XBB.1.5 d’Omicron avait la plus grande affinité de liaison avec l’ACE2 humain et la plus grande distance phylogénétique par rapport aux gènes de pointe de Wuhan-Hu-1, Omicron BA.1 et Omicron BA.4/5 . Les résultats ont indiqué que XBB.1.5 pourrait être plus infectieux que les variantes précédemment en circulation, soulignant la nécessité de la plus grande prudence pour les infections à XBB.1.5.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
